Il progetto nasce su iniziativa del Museo di Scienze Naturali di Bergamo, capofila del sistema, nel 1989. Da quando a Cene, nel 1965, una frana mise in luce un eccezionale giacimento fossilifero, Il Museo avviò in quest’area le prime campagne di scavo, scoprendo all’inizio degli anni ’70 resti paleontologici unici al mondo.
Nel 2002, dopo la riqualificazione dell’area e la realizzazione di un centro visitatori, è stato inaugurato il Parco Paleontologico, oggi sede delle campagne di ricerca stratigrafica condotte dal Museo di Bergamo e di iniziative didattiche e culturali.
Nel 2006 il Sistema si è arricchito di una seconda località paleontologica, il Monumento Naturale della Valle Brunone, e nel 2007 del Museo Brembano di Scienze Naturali di San Pellegrino Terme, che custodisce straordinari reperti triassici della Valle Brembana.

L’attività di ricerca condotta a Cene su una serie di strati di soli 30cm di spessore e costituiti da lamine calcareo-marnose, portò alla scoperta di una fauna fossile costituita da rettili, tra cui il notissimo Eudimorphodon ranzii, pesci, crostacei, molluschi ed echinodermi. Negli anni ’70 altre ricerche misero in luce nuovi giacimenti a vertebrati fossili triassici anche a Ponte Giurino in Valle Imagna e a Zogno in Valle Brembana.